全面营改增，财税2016年36号文附件1规定车辆停放服务、道路通行服务(包括过路费、过桥费、过闸费等)等按照不动产经营租赁服务缴纳增值税。而不动产经营租赁服务的适用税率是11%，按照增值税的特殊计税方法，上一环节已经缴纳的税额可以在下一环节征税时扣除，使各个环节形成环环相扣的完整链条。
所以，正常情况下，我们取得的过路费、过桥费、过闸费都应该按照11%来抵扣，而上游如果是免税，比如是财政负担的通行费，开的是财政票据，下游就不得抵扣。
但是同时财税〔2016〕36号附件2有规定公路经营企业中的一般纳税人收取试点前开工的高速公路的车辆通行费，可以选择适用简易计税方法，减按3%的征收率计算应纳税额。
财税〔2016〕47号有规定，一般纳税人收取试点前开工的一级公路、二级公路、桥、闸通行费，可以选择适用简易计税方法，按照5%的征收率计算缴纳增值税。
所以就有了后面的高速低率和低速高率抵扣的一个归纳。具体来讲就是
「高速低率」高速公路通行费可抵扣进项税额=高速公路通行费发票上注明的金额÷(1+3%)x3%
「低速高率」一级公路、二级公路、桥、闸通行费可抵扣进项税额=一级公路、二级公路、桥、闸通行费发票上注明的金额÷(1+5%)x5%
至于为什么是计算抵扣，公式都是按照票面价格先换成不含税价格再乘以抵扣率。这个很好理解，其实你注意观察一下生活就明白了。
我们开车取得的过路过桥费用，你看看有没有开增值税专用发票的?现实中也没办法给你开增值税专用发票来抵扣，这是和这种行业的特殊性密切相关的，
收费有其特殊性，金额小，开票速度要快，不可能让排队的车辆提供税号等着开票，所以营改增后我们看到的发票还是通用机打发票或者通用定额发票。
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不管上述是人工收费取得、ETC通行后去银行开具的还是预存费用取得的。它们有个共同特点就是都是从非增值税发票管理新系统开具的。
至于计算出来如何填写申报表?
国家税务总局公告2016年第27号规定增值税一般纳税人支付道路、桥、闸通行费，按照政策规定，以取得的通行费发票(不含财政票据)上注明的收费金额计算的可抵扣进项税额，填入国家税务总局公告2016年第13号附件1中《增值税纳税申报表附列资料(二)》(本期进项税额明细)第8栏“其他”
至此，道路通行抵扣凭证从2018年1月1日开始就分了两种。应该说是一种业务，两种不同的抵扣方式。
而按照交通运输部、国家税务总局公告2017年第66号规定增值税一般纳税人申报抵扣的通行费电子发票进项税额，在纳税申报时应当填写在《增值税纳税申报表附列资料(二)》(本期进项税额明细)中“认证相符的增值税专用发票”相关栏次中。
也就是和专票的填写位置一样，而且必须是勾选认证，勾选成功后按照统计表填写申报表
按照现在的政策，纳税人支付的高速公路通行费暂未能取得收费公路通行费增值税电子普通发票，可凭取得的通行费发票计算抵扣执行到2018年6月30日。
纳税人支付的一级、二级公路通行费，如暂未能取得收费公路通行费增值税电子普通发票，可凭取得的通行费发票上注明的收费金额计算抵扣执行到2018年12月31日。
纳税人支付的桥、闸通行费，暂凭取得的通行费发票上注明的收费金额计算抵扣。
结语：我们可以预见这个趋势，就是尽快的会把所有的过路费发票都纳入新系统，通过电子发票开具并抵扣。那么6月30日之后取得的高速公路纸质发票还能计算抵扣不?我们只有拭目以待了。
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