根据《国家税务总局关于发布<国际运输船舶增值税退税管理办法>的公告》(国家税务总局公告2020年第18号)规定，第四条 适用船舶退税政策的运输企业，应于首次申报船舶退税时，凭以下资料及电子数据向主管税务机关办理船舶退税备案：
(一)内容填写真实、完整的《出口退(免)税备案表》及其电子数据。该备案表由《国家税务总局关于出口退(免)税申报有关问题的公告》(2018年第16号)发布。其中，“是否提供零税率应税服务”填写“是”;“提供零税率应税服务代码”填写“01(国际运输服务)”;“出口退(免)税管理类型”填写“船舶退税运输企业”;其他栏次按填表说明填写。
(二)运输企业从事国际运输和港澳台运输业务的证明文件。从事国际散装液体危险货物和旅客运输业务的，应当提供交通运输管理部门出具的《国际船舶运输经营许可证》复印件(复印件上应注明“与原件一致”，并加盖企业公章，下同);从事国际集装箱和普通货物运输的，应提供交通运输管理部门的备案证明材料复印件。从事内地往返港澳散装液体危险货物和旅客运输业务的，应提供交通运输管理部门出具的批准文件复印件;从事内地往返港澳集装箱和普通货物运输的，应提供交通运输管理部门出具的备案证明材料复印件;从事大陆与台湾地区间运输的，应提供《台湾海峡两岸间水路运输许可证》及《台湾海峡两岸间船舶营运证》复印件。
上述资料运输企业可通过电子化方式提交。
第五条 本办法施行前，已办理出口退(免)税备案的运输企业，无需重新办理出口退(免)税备案，按照本办法第四条规定办理备案变更即可。
运输企业适用船舶退税政策的同时，出口货物劳务或者发生增值税零税率跨境应税行为，且未办理过出口退(免)税备案的，在办理出口退(免)税备案时，除本办法第四条规定的资料外，还应按照现行规定提供其他相关资料。
第六条 运输企业备案资料齐全，《出口退(免)税备案表》填写内容符合要求，签字、印章完整的，主管税务机关应当予以备案。备案资料或填写内容不符合要求的，主管税务机关应一次性告知运输企业，待其补正后再予以备案。
第七条 已办理船舶退税备案的运输企业，发生船籍所有人变更、船籍港变更或不再从事国际运输(或港澳台运输)业务等情形，不再符合财税〔2020〕41号文件、财税〔2020〕52号文件退税条件的，应自条件变化之日起30日内，持相关资料向主管税务机关办理备案变更。自条件变更之日起，运输企业停止适用船舶退税政策。
未按照本办法规定办理退税备案变更并继续申报船舶退税的，主管税务机关应按照本办法第十四条规定进行处理。
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