一、需要勾选确认才能抵扣进项税额的情形
（一）抵扣凭证类型
增值税专用发票、机动车销售统一发票、收费公路通行费增值税电子普通发票、仅注明一个缴款单位信息的海关进口增值税专用缴款书(以下简称增值税发票)。
例外：增值税一般纳税人支付的增值税税控系统专用设备和技术维护费用在增值税应纳税额中全额抵减的，取得的增值税专用发票不能作为增值税抵扣凭证，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
（二）勾选确认的适用对象
所有的增值税一般纳税人。从2019年3月1日起，一般纳税人取得增值税发票后，可以自愿使用增值税发票综合服务平台(以下简称服务平台)查询、选择用于申报抵扣、出口退税或者代办退税的增值税发票信息。
（三）勾选确认的期限
自2020年3月1日起，增值税一般纳税人取得2017年1月1日及以后开具的增值税发票，取消认证确认、稽核比对、申报抵扣的期限。就是说，您取得的2017年1月1日后开具的增值税发票只要在增值税申报前勾选确认，就可抵扣本期的进项税额。
（四）
纳税人应在勾选确认、稽核比对通过的次月申报期内向主管税务机关申请抵扣进项税额。您一定要记住，当月勾选确认、稽核比对的增值税发票的税额当月必须抵扣!
（五）可抵扣的进项税额
一般情况下为增值税发票票面注明的增值税税额，例外情形详见“三、计算抵扣进项税额的情形”。
二、热点问答
（一）我取得的2016年12月31日之前的增值税发票未在规定限内认证确认、稽核比对或申报抵扣的，该怎么办呢？
答：如果您符合规定条件的，可按照《国家税务总局关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告》(2011年第50号，国家税务总局公告2017年第36号、2018年第31号修改)、《国家税务总局关于未按期申报抵扣增值税扣税凭证有关问题的公告》(2011年第78号，国家税务总局公告2018年第31号修改)规定，继续抵扣进项税额。
（二）我单位取的是海关进口增值税专用缴款书（仅注明一个缴款单位信息），但通过服务平台查询到的海关缴款书信息与实际情况不一致，怎么办？
答：当海关进口增值税专用缴款书(注明一个缴款单位信息)在服务平台查询到信息与实际情况不一致或未查询到对应信息时，您应当上传该缴款书信息到服务平台，经系统稽核比对相符后，再登录服务平台查询、选择用于申报抵扣或出口退税的海关缴款书信息。
（三）我在登记为增值税一般纳税人前取得的增值税发票，在登记为增值税一般纳税人后可以据此抵扣进项税额吗？
答：纳税人自办理税务登记至登记为一般纳税人期间，未取得生产经营收入，未按照销售额和征收率简易计算应纳税额申报缴纳增值税的，其在此期间取得的增值税扣税凭证，根据《国家税务总局关于纳税人认定或登记为一般纳税人前进项税额抵扣问题的公告》(国家税务总局公告2015年第59号)规定，可以在登记为一般纳税人后抵扣进项税额。
需要注意的是：您取得的增值税专用发票，需按规定由销售方纳税人开具红字增值税专用发票后重新开具蓝字增值税专用发票，您应凭重新开具的蓝字增值税专用发票抵扣进项税额。
（四）某销售机动车的小规模纳税人本季销售额未超过30万元未缴纳税款，那我取得其开具的机动车销售统一发票可以抵扣进项税额吗？
答：根据总局减税降费问题答复，对月销售额未超过10万元(按季30万元)的小规模纳税人开具的机动车销售统一发票，可以享受免征增值税政策，且下道环节取得相应发票的，可以抵扣进项税额。因此您在销售方未缴纳税款的情况下仍可凭取得的机动车销售统一发票抵扣进项税额。
（五）我单位因疫情防控原因未在3月份申报缴纳2月属期增值税，且未通过增值税发票综合服务平台确认增值税扣税凭证用途，是否可以延期确认？
答：国家税务总局于今年2月底对服务平台进行了升级，新增【延期抵扣勾选】模块，纳税人可以选择符合条件的税款所属期，补充进行该期进项发票的勾选确认操作。也就是说，如果增值税一般纳税人未在3月份进行2月份增值税申报，且未通过服务平台确认增值税扣税凭证用途，可以在此后办理2月份增值税申报前通过服务平台的【延期抵扣勾选】模块勾选确认2月份属期增值税扣税凭证用途。今后，增值税一般纳税人遇到此类情形时均可比照该条措施进行处理。
三、计算抵扣进项税额的情形
（一）增值税一般纳税人购进农产品取得的增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书
1.从按照3%征收率缴纳增值税的小规模纳税人处取得的增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额;如果购进用于生产或者委托受托加工的是13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算当期可抵扣的进项税额。
2.从一般纳税人取得的增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书，如果购进用于生产或者委托受托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。
重要提醒：此时取得的增值税专用发票和海关进口增值税专用缴款书仍需勾选确认后方可计算可抵扣进项税额。
举个例子：如某酸奶生产企业从某小规模纳税人购进鲜奶，取得增值税专用发票，票面金额20万元，税额0.6万元，当期领用60%用于酸奶生产，则该笔业务可抵扣进项税额为1.92万元[酸奶适用13%的税率，可以按照10%的扣除率计算进项税额，可抵扣进项税额为20*9%+60%*1.8/9%*1%]
（二）农产品收购发票或者销售发票
以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额;如果纳税人购进用于生产或委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。
农产品收购发票与销售发票都是适用于农业生产者销售自产农产品业务，区别在于前者是购买方开具，发票左上角打印“收购”两字，后者是农业生产者销售自产农产品自行开具的普通发票。
提醒：纳税人购进农产品既用于生产销售或委托受托加工13%税率货物又用于生产销售其他货物服务的，应当分别核算用于生产销售或委托受托加工13%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额。未分别核算的，统一以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额，或以农产品收购发票或销售发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算进项税额。
例一：某餐饮公司为增值税一般纳税人，2019年8月从农户处购进水果100万元，自开农产品收购发票，票面金额100万元，则该笔业务可抵扣进项税额为9万元(100*9%)
例二：某罐头食品加工厂为增值税一般纳税人，2019年7月从农户处购进水果100万元, 自开农产品收购发票，票面金额100万元，当月领用该批水果的30%用于罐头生产，则该笔业务可抵扣进项税额为9.03万元[罐头适用13%的税率，可以按照10%的扣除率计算进项税额，可抵扣进项税额计算为100*9%+30%*9/9%*1%]
例三：某一般纳税人兼营餐饮服务和罐头加工，两项业务未分开核算，2019年7月从小规模纳税人购进水果取得代开增值税专用发票，票面金额20万元，税额0.6万元，则该笔业务可抵扣进项税额为0.6万元(既从事餐饮经营又从事罐头食品加工，但未分开核算进项税额，不适用加计扣除政策，按取得增值税专用发票的票面税额抵扣进项税额)。
（三）桥、闸通行费发票：发票注明的金额÷（1+5%）×5%
（四）注明旅客身份信息的航空运输电子客票行程单：（票价+燃油附加费）÷（1+9%）×9%
（五）取得注明旅客身份信息的铁路车票：票面金额÷（1+9%）×9%
（六）取得注明旅客身份信息的公路、水路等其他客票：票面金额÷（1+3%）×3%
四、稽核比对相符后抵扣进项税额的情形
增值税一般纳税人取得的注明两个缴款单位信息的海关进口增值税专用缴款书，应当上传该缴款书信息至平台，经系统稽核比对相符后，再登录平台查询、选择用于申报抵扣或出口退税的海关缴款书信息。
五、直接抵扣进项税额的情形
完税凭证：从境外单位或者个人购进服务、无形资产或者不动产，自税务机关或者扣缴义务人取得的解缴税款的完税凭证上注明的增值税额为进项税额。
纳税人购进国内旅客运输服务取得的增值税电子普通发票：按票面注明的税额为进项税额。
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